Non ho mai avuto questo tipo di problema, ma leggendo i vari libri in circolazione personalmente proverei a pulire la botte esternamente con aceto forte e basta. Questo ovviamente se le muffe si presentano solo all’esterno, se sono anche all’interno allora procederei come hai detto tu, ma lo farei in questi mesi in modo che il mosto possa stare a “riposo” per qualche mese freddo (dicembre-gennaio-febbraio) prima dei travasi